Nagato, Konan a Yahiko našli Sanniny a mezi nimi i Jiraiyu, který se o ně začal starat. Yahiko málem zemře a Jiraiya při tom objeví Nagatův Rinnegan. Začíná je učit ninjutsu a po nějaké době je opustí. Yahiko a ostaní založí Akatsuki, aby si vydobyli mír bez použití síly. Organizaci objeví Hanzo, toužící po moci, a zláká je falešným slibem. Unese Konan a donutí Yahika spáchat sebevraždu. Nagato se poté rozhodne vést Akatsuki místo svého přítele.
