전작 마크로스의 시대로부터 80년이 흐른 시대. 인류는 최초의 접촉 이래 계속 젠트라디와 싸워 자신들의 문화를 지켜왔다. 그러나, 슬슬 통합군도 부패하기 시작하고, 매너리즘에 빠져 자신들의 군대가 최강이라는 식의 김 빠진 선전만 해댄다. SNN의 보도기자인 히비키는 통합군 고위층인 엑세글렌과 통합군 인기 넘버 1의 여성 파일럿 실비지나가 호텔에서 밀회를 나누고 빠져나오는 장면을 스캔들 특종으로 취재하지만, 군의 압력으로 되려 편집장에게 호통만 듣는다. 반항적인 기질로 똘똘 뭉친 히비키는 군은 항상 권력을 방패삼는다며 분개하고... 그러나 사실 실비는 통합군 내에 문제가 커져가는 것을 상관인 엑세글렌에게 비밀리에 보고하려던 것이었다. 이런 시기에 다시금 외계로부터 새로운 적이 나타난다. 첫 번째 접촉에서는, 통합군의 '민메이 어택'이 잘 먹혀들어 성공한 듯 보였다. 그러나, 뜻밖에도 새로이 조우한 적에게는 그들만의 '노래'가 있었다. 그들은 단순한 젠트라디 잔당이 아니었던 것이다. 지난번 스캔들 건으로 근신 명령을 받았던 히비키에게 베테랑 보도기자인 데니스와 함께 전선 취재를 나가라는 명령을 하는 편집장. 히비키와 데니스는 SNN의 민간용 발키리를 타고 전선으로 간다. 그곳에서 그들이 본 것은 전혀 적에게 대응하지 못하고 계속 패배를 거듭하고 있는 통합군의 모습. 한편, 공격받아 항해불능이 된 적함의 내부를 촬영하러 돌입한 그들은 세뇌를 받고 있는 젠트란들을 발견한다. 누군가 다른 존재가 젠트란들을 세뇌해서 전쟁도구로 조종하고 있는 것이다. 한편 정신을 잃은 한 소녀를 발견하게 되는데, 특이하게도 '마이크론 사이즈'의 인간이 거인들의 배에 있는 것을 묘하게 여긴 데니스가 소녀를 데리고 가자고 한다. 소녀를 발키리에 태우려다 폭발에 휘말린 데니스는 사망한다. "우리가 찍은 영상이다. 반드시 특종이 될 거야"라는 말을 남기고... 본래 히비키가 기자가 된 것은 한창때의 데니스가 직접 전선에서 취재한 영상에 감명을 받아서 였다. 무거운 마음으로 지구로 돌아와 편집부에 디스크를 넘기는 히비키. 그러나 다음날 TV에 나온 영상은 자신들이 촬영한 것이 아니라, 통합군이 연전연승한다는 식으로 조작된 것이었다. 분노하는 히비키. 이 때 마침 정신을 차린 소녀에게 번역기를 달아주고, 대화를 해 본 결과 그녀의 이름은 '이슈탈'이며 '마르두크의 이뮬레이터'라는 말을 듣게 된다. '취재'의 일환으로 이 소녀에게 지구의 문화를 가르쳐주고 그 모습을 지켜보자고 생각한 히비키는 그녀를 거리로 데리고 나가고, 히비키의 행동을 주시하던 실비와도 얽히게 된다. 컬쳐 플라자에서 지구의 과거 모습을 보여주는 시설을 보고 있을 때, 멀리서 '마크로스'의 모습을 본 이슈탈은 그것이 마르두크를 인도하는 '아르스의 배'라고 말을 한다. 자신이 꿈속에 보았던 것이라며... 이 때 이슈탈을 데리러 페프의 부대가 나타나는데, 이슈탈은 스스로의 의지로 페프를 거부하고 히비키에게로 달려간다. 지구의 '노래'를 배우기위해, 마르두크를 구할 '아르스의 배'에 대해 알기위해... 제작시기만을 놓고 보면 원조 마크로스의 후속작이지만 그 내용이나 시공간적 배경은 완전히 달리 하고 있는 작품이다. 원조 시리즈의 민메이라는 너무도 큰 위세를 떨치고 있는 캐릭터의 영향력에서 벗어나려는 듯 새로운 가수를 도입하고, 민메이 어택이라는 이름으로 불릴 정도로 유명해진 지구인의 공격을 이제는 지구인만의 독특한 공격법이 아니라 적도 스스로를 위해 사용한다는 새로운 설정 또한 도입하였다. 그러나 원조 시리즈보다 훨씬 미형화된 그림체에도 불구하고 히비키와 실비 지나, 이슈타르간 삼각관계 형성에 무리가 있고, 중간에 작화 퀄리티의 일관성을 유지 못한 것 때문에 상대적으로 큰 호응은 얻지 못하였다. 그러나 오프닝 곡을 비롯하여 음악을 중시하는 마크로스 시리즈인 만큼 작품 전반에 명곡들이 많이 포진하여 있고, '마크로스'라는 명칭에 중점을 두지 않고 하나의 독립된 작품으로만 본다면 충분히 그 나름대로의 재미와 작품성을 갖춘 작품이라고 할 수 있다.
