Tutti nel mondo usano applicazioni per smartphone. Ma al loro interno si annidano creature sconosciute chiamate "Appli Monsters", o "Appmon". Gli Appmon sono forme di vita AI con la capacità di pensare e agire, ed esistono al confine tra il mondo umano e lo spazio digitale. Nel vasto mare di internet, l'"ultimo boss AI" Leviathan prende il controllo degli Appmon con un virus e inizia a violare ogni sistema, iniziando così a controllare il mondo umano dal mondo della rete. Haru Shinkai è portato ad acquisire l'Appli Drive, e lo usa per materializzare Gatchmon, un mostro di app di ricerca.
